水利署正在研擬修正地下水管制辦法，將高鐵沿線都納入管制區內，管制區寬度視下陷情況不同，從8百公尺到3.2公里不等，區內將嚴格限制使用地下水。
協助規劃的成大團隊指出，5月底前應會提出獎勵方案，9月後開始稽查。團隊祕書丁崇峯表示，根據大眾捷運系統兩側禁建、限建辦法規定，高鐵沿線左右各60公尺內禁止抽地下水，但目前違法水井到處都有，未來地下水管制辦法修正案中，將把限抽地下水範圍再擴大，同時限制的強度也拉到最強，加強管理。
成大研究團隊調查，高鐵溪州段基樁下陷20公分，記者走訪高鐵溪州鄉沿線，幾乎農田都抽地下水灌溉，專家建議封井，但鄉長黃盛祿反對，他堅持「灌溉水是農民命脈，沒水，農民怎麼活？」
經營園藝的周姓農民說，從沒聽過溪州有地層下陷，以前這裡地下水很豐沛，還會自然湧出泉水，現在大家都抽地下水灌溉，原因是自來水公司在離高鐵約5公里處挖了一口深井，斷了他們的灌溉水源。