地下水的使用，以農業用最多，約佔45%，如各地水利會都鑿有灌溉用井，以及台糖公司早期灌溉全省甘蔗田的水井，此類井出水量較大、深度較深，約在100─200公尺；相較之下，農民自費開鑿的井，出水量較小、深度較淺，約在30公尺以內。其次是養殖業用水，約佔32%；工業用水，約佔14%；至於民生用水，由自來水公司鑿建的水井約只佔9%。
當社會的經濟模式改變時，各類的用水比例也會隨之改變。例如早期(1951年)所建石門水庫是以灌溉為首要目標，但現今已轉變為民生供水為主。再者水庫日漸淤積、新址難覓，地下水的供應比例也逐年增加。美國1995年的統計資料顯示，有19州的民生用水中超過60％為地下水所供應。現今台灣的民生用水中超過60％為地下水所供應的縣市為：彰化、宜蘭、雲林及屏東，未來應會持續增加。
長期超抽地下水會造成地層下陷、海水倒灌等災害，雖然政府劃定地下水管制區禁止新設水井，但因抽用仍超過補注，故大部分地區的地下水水位仍持續下降。這些地區的含水層，因上方有泥層阻止水流由上往下的補注，離側向的補注源又遠，因此抽水如同採礦，只出不進，地下水水壓就逐漸降低。
