2月5日與日本船隻纏鬥5小時後，「海洋看守保育協會」(The Sea Shepherd)護鯨船史帝夫厄文(Steve Irwin)號在2月6日早晨，於南極羅斯海域與日本捕鯨船勇新丸2號(Yushin Maru No.2)相撞。在過程中，日本船員使用聲波武器、纏索和船隻攻擊史帝夫厄文號。
該國際海上哺乳動物保護組織「海洋看守保育協會」的創始人和領導人華生(Paul Watson)船長說，衝突起因於日本魚叉船介入阻撓史帝夫厄文號的行動。史帝夫厄文號企圖阻止一頭死鯨魚轉送到加工船日新丸號(Nisshin Maru)的船臺。
「如果不撞擊勇新丸1號，我無法轉向右舷。我盡力停下來，但是勇新丸2號的走向使碰撞不可避免。」勇新丸2號當時正轉送早上殺死的第2頭鯨魚。「對史帝夫厄文全體船員來說，這些毫無防備的鯨魚遇害，就像是失去他們自己生命一樣的悲劇，」華生說。
第2波衝突在2月6日下午發生，當時兩艘魚叉船衝向「海洋看守保育協會」對加工船的封鎖，該船正在轉送兩隻死鯨魚。
「我們告知他們停止其非法捕鯨行為，我們將阻斷加工船堅硬的船臺。他們決定測試我們的決心，且顯然期望我們在他們搶先轉送鯨魚後能撤退，」華生船長說。
日新丸號向史帝夫厄文號船員發射一種聲波武器，稱作長距離聲響裝置(LRAD)。此一新發展的武器會產生震耳欲聾的噪音，並造成聽力永久損害和暫時性的視覺混亂。
日本船員聲稱他們正進行合法科學研究，並自行決定在南極海域多達900頭的年度鯨魚配額。他們主張根據國際捕鯨委員會(IWC)規章，捕鯨研究是合法的。
「海洋看守保育協會」和其他保育組織認為日本人的捕鯨行動並不合法。「日本人捕鯨行為正違犯南極條約、瀕危野生動植物物種國際貿易公約，和國際捕鯨的委員會的規章協定，」華生說。
史帝夫厄文號直接於日新丸號船臺後方，試圖阻止一隻鬚鯨魚(minke whale)轉送到該加工船。
「看到那頭毫無防備的鯨魚，遭受長時間極度痛苦的殺害令我非常忿怒。我們今天將在這裡終止這令人憎惡的事件。此舉是危險的，但我們並不是來這邊坐待鯨魚遭到屠殺。我們來此阻止屠殺行為。我們居於很大的劣勢。日本政府將保護其屠殺者。我們的政府卻沒有那樣的膽識，更因我們保護自己和鯨魚而譴責我們。我們打算堅決抵抗。」華生船長說。
日本鯨類研究機構執行長森本實(Minoru Morimoto)6日在東京，指控「海洋看守保育協會」船員的犯罪攻擊行為。森本實說，「我將請求IWC的全體會員國譴責這些暴力行為，並拒絕該荷蘭籍船隻入港。」
2月5日，史帝夫厄文號讓日本捕鯨船隊疲於奔命，成功阻止其捕鯨行動，捕鯨船的不耐因而爆發。
5日午後，一頭瀕臨絕種的鰭鯨被認出。
史帝夫厄文號派出兩艘快速小艇下水阻止魚叉船捕鯨行動，並且以直升機拍攝整個行動過程。
「12點30分，日新丸號對來自加州的飛行員歐特曼(Chris Aultman )和來自塔斯馬尼亞島的動物星球(Animal Planet)頻道攝影師鄧恩(Ashley Dunn)發射LRAD。鄧恩當時正在替電視節目「鯨魚戰爭(Whale Wars)」拍攝「海洋看守保育協會」的護鯨運動。」華生說。
「捕鯨船員向直升機發射該設備是極不負責任的行為。他們除了拍攝之外，並未對捕鯨船造成任何威脅。這些捕鯨船員顯示他們對人命毫不關心。」華生說。
「當時，魚叉船又打開LRAD，朝向小船和史帝夫厄文號發射。這次聲波攻擊後，日新丸號隨後轉向追趕史帝夫厄文號，並且全速壓迫史帝夫厄文號。」華生說。
日本船員用高壓水管攻擊小船。小船也以威脅纏繞魚叉船推進器作為報復手段，並以腐壞奶油炸彈還擊。
在17小時後，魚叉船退出，史帝夫厄文號重新追蹤日新丸號，該船正前往南極，深入羅斯海域(Ross Sea)。
華生船長的策略是讓捕鯨船隊疲於奔命，以致無暇進行捕鯨行動。他說，「海洋看守保育協會」2008年成功阻止近500頭鯨魚遇害，並堅信這季會做得更好。
「我希望我們不用面對如此危險的情勢。我已重複提及，假使澳洲或紐西蘭政府同意，在國際法庭上控訴日本政府，那麼我們將放棄這類行動。因為國際法並未執行，我們只能在這已規劃的鯨魚禁獵區中，用可獲得的資源來保護這些瀕臨絕種的鯨魚。」
澳洲直到1978年仍屬捕鯨國家，在1999年在其專屬經濟海域中，建立鯨魚禁獵區。
禁獵區在澳洲南極洲領土旁，包括其專屬經濟海域，6日的戰鬥正發生在那裡。
在2008年，澳洲聯邦法庭裁決，日本捕鯨船隊在鯨魚禁獵區殺死鯨魚是不合法的行為。