吉爾吉斯環境保護人士對於國內不受限制的基改作物進口行為感到擔憂，並要求政府提出健全的配套政策。他們認為，在其他國家就基改作物的利弊進行激烈的爭辯時，吉爾吉斯執政當局卻沒有任何反應。
事實上，吉爾吉斯政府在2006年夏季曾針對此議題提出討論，當時吉爾吉斯國內正準備開放基改產品的進口和生產，並針對生物多樣性訂立草案。但當草案進入國會表決時，卻在2007年1月遭到眾議院駁回，要求進一步加強法案內容。
當時也是草案撰寫者之一的基因工程專家摩洛貝(Gennady Vorobyev)表示，該法案無法正式通過，讓基改產品的使用出現法令上的漏洞。
基因改造在1990年代中期開始廣泛應用在農業用途，自此以後科學家也就其優點和風險展開激烈的討論。支持派駁斥，抗病或抗蟲性變種作物能大幅度提高採收量，進而改善某些貧窮國家貧窮和飢荒問題。他們同時也堅持，新型的基改食物品種對於人體完全無害。
反對派則對此論調提出強烈質疑，深怕基改品種會破壞人類免疫系統，引發過敏反應或其他不適症狀。此外，他們也擔心基改品種的「基因污染效應」會危及環境生態。農業專家艾巴度蘇洛夫(Yrysbek Abdurasulov)教授就是極為擔憂基因污染的其中一人。他指控在沒有任何監管的情況下，數量相當大的基改種子已從美國、荷蘭、德國、中國或其他地區進口到吉爾吉斯，品種包括西瓜、甘藍菜、蕃茄、胡椒、黃瓜、馬鈴薯和甜菜。
其中最讓人擔心的，就是具有不可預測性特徵的生物突變，以及含有危險病毒的物種。基因改造是一筆龐大的商機，美國、日本、德國、法國、中國和印度是最大的製造商，根據某些研究估計，每年基改產品的全球年銷售量約價值200億美元。然而，若以佔全球食品年消費量的1%來看，其產量仍是相對的偏少。
但在基因改造工業的快速成長，加上吉爾吉斯政府無法就進口量日漸增加作出反應的情況，已讓當地的環境人士感到十分憂心。在2003年簽署通過的卡塔赫納生物安全議定書(Cartagena Protocol on Biosafety)基礎上，吉爾吉斯應該能夠針對基改進口行為進行管制，這項協議書授予吉爾吉斯這類發展中經濟體，在國內缺乏法規架構時，可以就風險評估的結果來決定是否開放進口基改食品。
然而，吉爾吉斯環境人士也指控，當政府內部無人探究落實這項協議的可能性時，這個機制形同虛設。官方對於基改產品的忽視，讓民眾對於基改產品對人體可能引發的危險，產生極大的恐懼。部分農民同時也擔心，價廉的基改食品不受限制地入侵，會讓他們的產品價格會被市場淘汰，而他們所種植傳統又多樣的蔬果作物，也無法和外觀漂亮，又可保存較久的基改進口食品相互競爭。
參考資料
全文及圖片詳見：ENS