園區該保留多少草生地？
為了草鴞的生存與覓食空間，該保留多少草生地？標準為何？監督施政聯盟召集人陳椒華提出，開發後區內外之草生地（含深坑子農場等）總面積原則上「不低於120公頃」。但中華鳥會秘書長呂翊維強調，草鴞棲地利用形式多元，包含農耕地、河川高灘地及機場草地等。生態保育應顧及整體地景與多樣性，「不應針對單一明星物種，或直接硬性框定數字」。
開發單位南科局表示，將朝「草生地極大化」方向努力，並評估是否納入「開發後的草生地面積不少於120公頃、深坑子農場棲地營造草生地比例約75%、鑲嵌地形約25%」之建議。
此外，監督施政聯盟執行長許心欣針對生態淨零損失（NNL）的計算方式提出質疑，稱「NNL機制是否適用於草鴞這類瀕危物種」都須再討論。南科局則強調，NNL是計算棲地補償與營造的科學工具。
團體建議 環評書中增設路殺及犬殺專章
台灣濕地保護聯盟理事長謝宜臻建議，可將深坑子農場等補償地劃設為法定「野生動物重要棲息環境」，或其他有效區域保育措施（OECM）。他並建議，鼠類為草鴞生態食物鏈的一環，友善農作區與草生地營造初期應播撒豆科與花生種子，以增加鼠類密度。
南科局回應，劃設野生動物重要棲息環境涉及林保署業務，將繼續評估可行性。至於園區鼠類管理策略，會評估優先採環境整頓、物理捕捉等非毒性方式以維持生態平衡。
監督施政聯盟國土保育組組長陳祺忠建議，開發單位應在環說書中增設路殺及犬殺改善措施專章，並說明在地動物收容中心的搭配機制，提出移除遊蕩動物的具體作法，否則遊蕩動物將持續增生、無法根本解決問題。南科局同意納入範疇界定指引表。
南科局認為本案開發具絕對必要性，且開發地點皆無其他替代方案，但承諾將全面採用最可行技術（BAT）的環保措施。
南科局將於後續環評階段，評估採用以下開發方式與技術方案：將深坑子溪農場全區轉作為草鴞復育基地；針對園區內潛在敏感區「停1」及「產（一）-2」兩處提出具體迴避方案； 釐清若不採NNL，則滯洪池不得列入草鴞保育用地作為生態補償；提供不同園區配置方案的優缺點對比。
