盜獵使得台東縣彌足珍貴的三仙台海岸珊瑚礁正在消逝，近廿餘年來的學術研究記錄顯示，當地的珊瑚覆蓋率25年來從65%降到40%以下；即便海巡署積極查緝，盜獵行為仍未見收斂。學者建議，這片6公里長的珊瑚海域，應設立「三仙台珊瑚礁保護區」加強保育。
珊瑚礁覆蓋率 25年下降25%
台東縣擁有台灣最長海岸線，除了綠島、蘭嶼兩大離島，本島的台東縣海岸線就長達170餘公里；這段海岸線中，只有富岡港北側小野柳至花蓮縣界之間，有零散的珊瑚礁分布，其中尤以三仙台南岸為台東縣最重要的珊瑚礁分布區。
1989年曾主持「東部海岸風景特定區海岸生態及景觀資源調查計畫」的中央研究院研究員鄭明修指出，以位於三仙台南邊「基翬船澳東側」的測點來比較，當年調查記錄覆蓋率高達65%，其中石珊瑚和軟珊瑚的覆蓋率分別為55%和10%。
然而去（2013）年7月珊瑚礁體檢的結果顯示，當地珊瑚覆蓋率己降到40%以下，部份測站更只剩不到26%，軟珊瑚所占比例不到1%，而且死珊瑚骨骸的堆積明顯增多。
海底夜市 珍貴珊瑚礁守不住
根據當地潛水教練說，基翬三仙台的珊瑚礁在夏天晚間儼然是盜獵者的樂園，水中照明和魚叉來來往往，有如夜市般熱鬧，海巡署去年8月就曾查獲盜採珊瑚的潛水者並移送法辦，但還是無法遏止潛水狩獵行為。
鄭明修說，三仙台南側海域因為地形遮護，不易受東北季風的風浪影響，而且海流經過海水比較清澈，如此優良條件也帶來潛水客和違法採集。
近期經過多次進行潛水調查，鄭明修發現，與小丑魚共生的海葵群落明顯減少；連續2次水肺潛水探查，整個過程只發現1個馬糞海膽，而硨磲貝連1個都沒發現。測站附近的廢棄漁網和垃圾更是隨處可見。海底景況比往年更糟，己成為全台最淒涼的珊瑚礁生態系。
杉原有巡守 珊瑚礁生物相優
同樣在台東縣，位置較南的杉原珊瑚礁海域，珊瑚礁發育的天然條件雖然較差，並因海水較濁，潛水客相對較少；但當地富山村社區組成漁業資源保育巡守隊，定期巡守、保育珊瑚礁資源，使得硨磲貝和熱帶魚等，這類珊瑚礁生態指標性物種，比三仙台豐富。
「若不及時保護，當地的珊瑚礁美景將可能從台東縣美麗的地標景緻中永遠消失！」鄭明修指出，珊瑚礁素有海中雨林之稱，意謂著海洋生物資源豐富，是周圍海域的水產種源庫，能源源不絕補充海域漁業資源。而台東縣難得擁有6公里長的珊瑚海域，應設立「三仙台珊瑚礁保護區」，讓美景長存、永續海洋資源。