曾經遍布台灣有「凌波仙子」之稱的水雉，根據中華民國野鳥學會公布的調查，目前已僅剩不到50隻。由於現有位於台南縣葫蘆埤與德元埤等處僅存的水雉繁殖區與度冬區，正是高鐵預計通過的路段。為免水雉在高鐵興建後絕跡，野鳥學會已組成搶救委員會，要求農委會儘速劃設水雉保護區，並提高為保育類，以挽救水雉絕滅厄運。
野鳥學會指出，水雉原本是台灣常見的平地鳥類，也是最具本土特色的留鳥，10多年前在台灣北部消失後，南部的高雄等地都還有很多水雉可見，但近年來農作物耕種方式的改變，使南部的水雉也急遽消失。
野鳥學會表示，水雉主要棲息於池塘、湖泊、沼澤、菱角田及芡實田等水域地帶，並以魚類、昆蟲、及植物中的嫩葉、幼芽、種子為食。過去高鐵徵收用地，菱角田大量廢耕已使水雉失去大片棲地，未來若高鐵直接穿過繁殖區與度冬區，對水雉將是致命一擊。