莫拉克颱風讓阿里山森林鐵路嚴重受損。農委會17日於行政院會報告「阿里山森林鐵路及森林遊樂區整建情形」。報告指出，阿里山森林鐵路委託民間經營契約2010年3月23日終止後，已於5月8日完成鐵路營運資產返還，第1階段的復建工程也已經完成，將於19日恢復祝山及神木線的營運。行政院長吳敦義指出，阿里山森林鐵路是台灣珍貴的文化資產，他指示農委會督導林務局如期於2011年完成全線的復健工程。
阿里山森林遊樂區，農委會表示，阿里山森林遊樂區建物老舊且設施風格不一，商店區缺乏商圈整體意象，旅社區外部景觀也不協調，難以展現國際級景點品質及格局，農委會已擬定整體改善計畫，2011年時將可完成阿里山森林遊樂區入口意象重塑、旅社區景觀改善、香林國小新校舍啟用、攤販區重建安置、祝山車站改 善及沼平車站新建啟用。要藉由整體結構之調整，呈現出阿里山森林遊樂區之特色與風貌。