台灣本土物種多樣性驚人，林務局調查發現，台灣已知物種超過五萬種，每平方公里約有1.4個物種，達全球平均值百倍。昆蟲、植物、脊椎動物、菌類等單位面積物種數搶眼，全球名列前茅。
台灣半數海岸水深超過200公尺，過去採集深海底棲生物困難。兩千年國內研究人員引進深海底棲生物採集技術，在台灣海域發現不少新屬物種，如花蓮外海採獲的世界新種水試彷刺鎧蝦，以及存在於西太平洋的擬鮟鱇魚新種等。
林務局表示，我國陸域土地僅占全球萬分之2.5，目前鑑定出種名的數量達全球的百分之2.5。以蝴蝶為例，台灣就多達423種，有「蝴蝶王國」之稱。海洋物種數更多達全球平均值的400倍，為全球海洋物種總數的十分之一，光蝶魚就多達43種，為全球之冠。