消失近30年的台灣狐蝠，2006年在宜蘭縣龜山島發現之後，至今仍活躍在島上。農委會林務局、台灣哺乳動物學會和台北市立動物園共同合作組成的研究團隊，在經過2009年一年的追蹤調查，發現龜山島的台灣狐蝠相當活躍，且族群數量也算穩定。長期消失在台灣版圖的台灣狐蝠重現龜山島，象徵龜山島在自然環境的維護與保育有成；而台灣狐蝠的保育，還需要漫長的路要走，林務局表示，台灣狐蝠數量仍未達足夠的數量，因此請民眾小心呵護！
台灣狐蝠是台灣體型最大的蝙蝠，為台灣特有亞種，雙翼展開可達1公尺長，體型、飛行方式與活動時間，飛行在空中，往往讓人誤以為是夜鷺。主要棲地在綠島以及東北沿海，但因1970年代興起的寵物飼養風潮，引發大量捕捉，讓台灣狐蝠的數量急遽下降，以至於30年來，幾乎沒有人在野外發現牠們的身影。
台灣狐蝠的習性和一般人所想像的蝙蝠不同，並不會發出超音波，也不居住在洞穴中，而是棲息於樹上。農委會林務局技正林華慶也提到台灣狐蝠在熱帶海岸具有拓殖的重要功能。狐蝠主要以果實、花朵和嫩葉為食，又稱食果蝙蝠，牠們排出的糞便有助於傳播種子，也是熱帶海岸地區重要的植物授粉者。
近幾年在龜山島發現的族群，約有20隻以上。由於狐蝠屬夜行性動物，白天休息，不易觀察，研究人員為了探查狐蝠的日間棲息地點以及的活動模式，特別以專用的小型無線電發報器安裝在其中4隻台灣狐蝠身上，利用無線電訊號追蹤瞭解牠們的棲所與活動範圍，但因無線電可追蹤的範圍大約1－2公里，未來計畫以衛星發報器，追蹤狐蝠播遷的路徑。
目前林務局已爭取東北角暨宜蘭海岸國家風景區管理處及宜蘭縣政府的支持，研擬劃設「野生動物重要棲息環境」及設置龜山島生態監測站。林華慶解釋，設置重要棲息環境的目的並不是為了把狐蝠和人隔開，事實上和台灣狐蝠很相像的琉球狐蝠對人類活動環境是很適應；而是避免未來的開發，造成棲地與自然資源的消失。
未來棲地保育將是保育的第一要務，此外，將更深入調查狐蝠的生態、族群史、食性以及繁殖期。
