根據歐盟公布的航空排放法律的初步規定，從2012年開始，航空公司獲得的排放配額將逐年減少，比如2012年1 月1日至2012年12月31日，航空公司可獲得的排放配額相當於歷史航空排放(指在2004至2006這三年中年排放的平均數)的97%。
而從2013 年1月1日起，排放配額只相當於歷史航空排放的95%。在配額制最初階段，85%的排放配額將免費發放給航空公司，其餘15%將通過拍賣方式有償發放。如果航空公司沒有在8月31日之前提交碳排放檢測計劃，就無資格享受85%的免費配額。
航空公司將面臨新的成本已是不可避免。根據國際航空運輸協會測算，如果ETS執行，第一年將會讓全球航空業成本增加35億歐元，並且這一數字會逐年遞增。對一個快速成長的航空公司來說，如果在2005年有 15架新飛機，到2012年機隊增長到30架，到2020年增加到60架以上的飛機，其整體碳排放成本將可高達2.3億歐元。