在阿富汗的NGO工作人員，除了要面對暴力衝突環伺的環境外，外界指控NGO人員侵吞公款、未妥善運用從政府與公眾幕得的經費等紛紛擾擾的傳言更是不斷；而今，由於該名自殺炸彈客嫌犯偽裝為NGO成員事件，他們又陷入了可能被指為恐怖份子的陰霾。
在馬扎里謝里夫，一名拒絕透露姓名的NGO人員說：「我覺得身楚險境，現在又聽說有恐怖份子想利用NGO從事恐怖攻擊的事件，我擔心自己有天會被指控和恐怖份子有關連。」
目前有許多著名的NGO仍在阿富汗從事救援工作，例如國際關懷組織CARE、國際樂施會、拯救兒童聯盟、國際紅十字會及紅新月會等。他們在阿富汗從事的工作包括水患與震災救難、農業與職業訓練、偏遠地區社區教育、水資源與衛生計畫、營養補給工作以及技能訓練等。