阿里山BOT案是農委會林務局委辦，內容主要是阿里山森林鐵路及沿線各場站的委託經營沼平車站旁2.2公頃土地，興建208間客房的觀光飯店及10間別墅套房。這些大型的工程對於位於海拔2216公尺的高山生態將有著重大的影響。除了台灣特有種的樹木種類，更大的影響將是未來水源的使用、廢水的排放與下游鄒族原住民部落的生命財產安全。當這些可能的影響被攤開來，再加上有環評委員的「良心」加分，被給予不予開發的結論是裡所當然的，至少也先保留住這塊山林樂土。
阿里山特有種的樹木消失和山林的破壞、台東杉原灣珍貴的海洋生態被污染、枉顧原住民族自然主權和海生館枉死的小白鯨，看起來似乎毫無相干的事件，卻都因為BOT這個關鍵字而串連在一起。說BOT是台灣自然生態最可怕的殺手，其實一點都不為過，不是嗎？