過去水鹿在台灣地區的分布，於海拔300公尺至3000公尺間均有紀錄，但由於人類活動及獵捕的影響，目前族群已大量減少，需至海拔2500公尺以上的高山，才可能見其蹤影。
水鹿通常單獨活動，但偶爾也可見到2-3隻小群活動的景象。在高山，主要以玉山箭竹為食物來源，冬季也有觀察到攝食紅毛杜鵑及玉山杜鵑等其他植物的紀錄。水鹿為滿足其碩大體型每日所需消耗的熱量，一天之中需不斷地進行覓食，同時也花費冗長的時間反芻，以分解胃中的植物纖維。此外，水鹿也喜歡在高山湖泊處進行泥浴，打理自己的儀容整潔，並同時清除身上的寄生蟲，以保持身體健康。