在這份《生態系及人類福祉之綜合健康報告》中，探討了健康的維護、自然生態系的生物多樣性及人類健康之間的複雜關係。
世界衛生組織總幹事李鍾郁表示：「過去50多年間，人類比歷史上其他時期更快速且大規模地改變自然生態系。而這樣的轉變，確實對人類的衛生、福利及經濟收益均有相當貢獻。」但他接著指出，在這轉變過程所帶來的好處，卻並未平均分布在所有地區及人類身上。
科學家在報告中警告，生態系的衰退造成嚴重的後果，已經體現在人類健康層面，並且在未來50年會更加嚴重。
該報告主要作者，普渡大學科瓦蘭博士說，也撰寫人說：「人類的確是有受惠，但是這好處並未被公平的被分享。而我們現在所面對的生態系統衰退危機，特別是貧窮地區的人們賴以生存的自然生態系，更必須加以重視。」
人類有許多嚴重的疾病都是源自於動物，改變疾病帶原者或載體的動物族群棲地，將會影響人類健康。報告中解釋說，這有時有利，有時則有害。
有時環境狀況和疾病傳播之間的關係是複雜的。舉例來說，曾引發馬來西亞腦炎的立百（Nipah）病毒，一般相信是發生在印尼森林大火後，驅使帶原的蝙蝠飛到馬來西亞，而使病毒感染高密度畜養的豬隻，然後再傳染給人。
報告指出，高度集約飼養家畜，一方面提供人類營養，改善人類健康情況，但另一方面也會創造有利於疾病產生的環境。
此外，森林被破壞造成人類與野生動植物及野生動物肉品（叢林肉，bush meat）的接觸機會增加，再加上人類飲食習慣的改變，都為疾病傳播創造機會。
從為了畜牧而砍伐森林的行為，到氣候所造成的棲地變化，皆造成蚊子、壁虱、蠓等族群的衝擊，並改變如瘧疾和萊姆病等疾病的傳染方式。
森林消失也使得天災加劇，如洪水及土石流，減少作物收成，而危害健康。這會使家庭健康狀況受損，再加上飲食的缺乏，造成孩童生理、心理發展的傷害。再者，會使農人生計受損，限制他們的孩子的機會。
報告宣稱，生態系的壓力在未來將對健康產生無法預期的潛在嚴重衝擊。