環保署表示，依麥寮發電廠2002年提出的環境影響差異分析，電廠承諾排煙脫硫設備的廢水應經過處理，並達到「無毒性又符合放水標準後」，再與冷卻水匯合排放入海洋，疑似造成鄰近海域PH值（酸鹼值）偏低、溫度及營養鹽偏高，衝擊生態，環保署14日將開會討論管理對策。
依據該辦法，事業或汙水下水道系統，廢水如要採稀釋作法，應在前端的廢水處理設施調勻混合，不得在排放前與冷卻水混合排放。明年7月前是勸導期，明年月後違法者即可開罰6萬到60萬。
環保署日前發文雲林縣政府，要求在許可證到期後不得再發給許可證。雖然麥寮發電廠這種稀釋法從明年7月起就可開罰，但依信賴原則，環保署在許可證到期前不會對$電廠開罰。
※ 所謂「排煙脫硫」，是指電廠將產生的二氧化硫廢氣收集後，使用排煙脫硫設備，將廢氣與抽取的海水混合後，產生含有硫酸鎂的廢水。此時的廢水PH值約只有4-6，偏酸性。