綠色和平與水產養殖學者調查發現，台灣近海的漁獲，越來越高比例未及性成熟便被捕撈上岸。學者警告，長此下去出現「基因瓶頸」效應——魚類提早性成熟繁衍後代，令成魚體型逐漸變小，無論漁民和消費者均會受害。綠色和平呼籲沿海縣市劃設「海洋庇護區」恢復漁業資源，同時打擊違法的近岸拖網作業。
有關調查在2023年至2025年舉行，逾60位志工在宜蘭大溪、屏東東港和高雄蚵仔寮等數個漁港，透過影像拍攝和AI模型分析，統計近海漁業捕獲魚種的體長數據，計算出有多少漁獲未達到性成熟階段。
高雄科技大學水產養殖系副教授何宣慶參與制訂調查方法，他解釋即使是同一種類的魚，不同個體性成熟的體長有差異，故調查採用「50%性成熟體長」（Lm50）做標準，意思是當魚生長到該體長時，應該有50%的個體具備繁衍後代的能力。
調查分析39種常見魚種、5萬8762個有效樣本，有30種魚超過八成個體的體長未達Lm50，顯示族群更新面臨壓力。若比較2023年與2025年的調查結果，近海漁獲未達到Lm50的比率，更由77.7%升至93.3%。
以國人常吃的鯖魚為例，Lm50長度應達到32.3公分，但捕撈上岸的鯖魚體長中位數只有20.6公分，馬頭魚、鯧魚和肉魚都有類似情況，反映很多魚未及繁殖下一代，已被送上餐桌。
綠色和平海洋專案主任黃昕彤憂慮，魚越抓越小導致惡性循環，「海裡的大魚越來越少，那漁夫不得已只好將這些小魚不斷地捕撈上岸，造成我們海洋生態非常嚴重的危機。」
過度捕撈導致「基因瓶頸」
何宣慶警告，若問題無法緩解，會導致「基因瓶頸」效應，「大魚的基因消失，剩下的就是小魚。這些小魚為了族群存續，得要很小就開始性成熟，最後會導致魚體越來越小、經濟價值越來越低、漁獲量也越來越少。」
他引用國立台灣海洋大學海洋事務與資源管理研究所一份研究，台灣東北海域的刺鯧相隔約25年間（1984至2008年），首次性成熟的體長下降，雌魚由18至19.5公分縮短至16.5至18.5公分；雄魚由16.5至17.5公分，縮短至15.5至17.5公分。研究指出，魚體尺寸縮小較可能是高捕撈壓力造成的結果。
何宣慶提醒，不要小看成魚體長縮短的影響，其經濟價值會大幅縮少，「以一隻黑喉為例，29公分的話，它可以賣到800、1000塊；但是一隻15公分的黑喉，（拍賣場）只能賣到5塊、10塊錢。」最終漁民收入下跌，消費者要購買日漸稀少的大魚，亦要付出更高價錢。
疑似違法拖網作業逾萬小時
為什麼近海魚種面對高捕撈壓力？綠色和平質疑與活躍的非法拖網作業有關。
台灣自1989年起禁止拖網漁船在距岸3海浬內拖曳網具作業，綠色和平利用全球漁業觀測的AIS船舶自動辨識系統，分析漁船航行特徵和作業時間，判定是單純經過、靠港，或是疑似捕魚行為。調查發現，僅宜蘭縣、澎湖縣和屏東縣，各縣3海浬範圍內疑似存在非法拖網，每年平均有逾萬小時。
黃昕彤指出，2025漁業署僅裁罰24宗個案，而宜蘭、屏東及澎湖等地方政府，所發出的違規處分案件數量為零，反映舊有體制失能，未能應對非法拖網作業。
呼籲設海洋庇護區
綠色和平建議，漁業署、地方政府提升執法量能外，沿海縣市應劃設「海洋庇護區」，在核心區域完全禁漁，讓成魚產卵、幼魚長大。當魚群逐漸恢復，就會有溢出效應向外游，讓周邊海域的漁民捕撈到較高價值的漁獲。
黃昕彤表示，外國有成功案例，菲律賓阿波島劃設「海洋保護區」後，在一到三年內明顯看到生態復甦，漁民提升捕撈效率。
資料顯示，立法院在2024年三讀通過《海洋保育法》，該法於2025年7月正式上路後，至今仍未有依據法例劃出「海洋庇護區」。
何宣慶表示，另一種方式是漁民有共識設立規範，例如屏東東港櫻花蝦漁業。當地政府訂定管理規則，最多110艘作業漁船，每年6月至10月為禁漁期，距岸1浬內為禁漁區。漁民亦訂定公約自主管理，周六、日和國定假日為停捕日、漁船每航次漁獲量不得超過十箱，讓當地櫻花蝦得以永續發展。
他坦言，要達到有共識的規範不容易，但放任捕撈後果更嚴重，「我們必須為下一代留下一些可以永續利用的資源，而不是在我們這個世代就把它用完。」
