違章工廠造成農地破碎化、環境污染與公安問題。2019年《工廠管理輔導法》（下稱工輔法）修法規定自2016年5月20日起新建的所有違章工廠都應拆除。地球公民基金會昨（3）日召開記者會指出，隨納管工廠數量增加，疑似農地工廠污染的案件卻沒減少。根據統計資料，近四年疑似工廠占用的農地面積已達2433公頃；過去三年間，政府確認5493間違規工廠中，只有200多宗個案曾被罰款。
5493間農地工廠違規 僅223個案被罰鍰
地球公民基金會統計近3年經濟部產業發展署公布的資料，截至今（2024）年5月地方政府收到7684宗疑似違章工廠個案，其中88%經現勘後，確認5493間有違規事實。
在產發署公布的5493個案中，僅1079宗移交到內政部國土署紀錄違規裁罰情況，其中223宗被罰鍰；327宗應斷水斷電但未執行，其餘個案情況不明或在拆除前未有執行罰則。地球公民基金會專員賴沛蓮表示，違規裁罰紀錄清單沒有詳細闡述具體情況，「例如什麼時候罰、罰多少、是否連續開罰」，甚至沒有列明是否已拆除，民間無法監督違章工廠治理。
綠色公民行動聯盟副秘書長曾虹文表示，《工輔法》修法後，採取全面納管和就地合法的原則，農地違章工廠有機會被納管成為合法工廠。但隨納管工廠數量增加，疑似農地工廠污染的案件卻沒減少，甚至不少為累犯。他指出，2010年至今涉及污染被開罰的個案共有227筆，當中113筆是特定工廠登記辦法生效後發生的；其中有36家是累犯，取得特登後累犯有28家。
曾虹文稱，有業者取得特登後繼續偷排，例如唐振工業於2021年10月取得特登，但事實上從2019～2022年偷排電鍍廠廢水長達三年，最後被罰204萬及勒令停工。
《工輔法》規定，只要環保單位作出「勒令歇業」的處分，就會撤銷工廠登記證，但曾虹文稱，這是經濟部和環境部共謀設計的一個假的退場機制，因實務上即使勒令工廠停工，只要工廠「有改善」就可復工，結果現在偷排有毒廢水的工廠就地合法，沒有被強制搬離農地。消防員工作權益促進會則指出，違章工廠結構一般較不穩定，且缺乏基本消防設備和逃生設施，一旦發生火災，威脅工人和消防員生命安全。
六大違章工廠重災區 建議違章者自付拆除費用
賴沛蓮指出，農地違章工廠重災區包括彰化、台南、台中、桃園、新北和高雄，「比較接近都市的非都市用地、位於平原，交通較方便。」即使法規列明有罰鍰和拆除條文，但業者沒有在怕罰則，近年農地上違章的鐵皮廠房一直在蓋。
地球公民基金會專員吳沅諭則稱，即使再修法要求加入拆除時限，但由於地方政府編列的拆除預算太少，就算限期到了還是沒法拆除，所以建議修法變成違章者自付拆除費用，比較有效率。
民間呼籲，內政部國土署應公開所有都市土地及非都市土地違規工廠裁罰細節及拆除進度，檢討過去四年斷水斷電執行不力的原因；經濟部產發署對新增與未納管的違章工廠應立即斷水斷電及拆除，及制定合理且有效遏阻污染的納管工廠退場機制。而內政部亦須檢討《輔導既存工廠自設滅火設備及替代設施指導原則》，強制工廠依照原則裝設消防設備。