農地工廠問題嚴重，《工廠管理輔導法》去年修正，預計明（20）日正式公告，以20年時間「就地輔導」2016年5月20日以前既存的低污染工廠合法化。納管與輔導期間，須每年繳交2~10萬元的「納管輔導金」或「營運管理金」，直到完成合法化。合法後，在最後階段進行農地變更時，尚須繳納一筆「回饋金」。
年繳2~10萬輔導金 每坪一月僅不到20元
2月27日經濟部對外說明收費級距（草案），費率依廠地面積而定，300平方公尺以下的工廠年繳2萬元，500平方公尺年繳3.5萬元，18000平方公尺以上繳最高金額10萬元。
這筆金額須每年繳，如果工廠改善須花20年，就要繳20年，最高繳40萬~200萬元的輔導管理金，加上一筆回饋金後，才能完成工廠合法化。若超過20年則特定工廠登記作廢。
據經濟部資料，工廠須每年繳「納管輔導金」與「營運管理金」2~10萬間，換算下來，每月一坪不到20元，超過1800平方公尺的大廠甚至不到15元。
地球公民基金會專員吳其融表示，農地與工業區價格受區位影響很大，粗略估算，工業區約每坪每月1000元，而違法蓋在農地上的非法工廠，僅須繳交農地租金每坪每月100~300元。現在《工輔法》僅要求每坪每月不到20元，實在看不出公平原則或罰鍰性質。
輔導過程須繳輔導金 土地合法另繳回饋金
低污染既存工廠須在《工輔法》公告日起2年內申請納管、10年內完成改善，以取得「特定工廠登記」，20年內完成合法化。取得「特定工廠登記」前繳交「納管輔導金」；取得「特定工廠登記」後改繳「營運管理金」，兩者費率相同。
為避免工廠故意延後納管，以減少繳交輔導金的時間，「納管輔導金」一律從法規施行日開始繳交。
除了年繳2~10萬外，依據《工輔法》，工廠申請農地變更時，尚須繳納單筆的「回饋金」，不過費率尚未公布。然而，現行農業用地變更回饋金撥繳及分配利用辦法中規定，「以變更編定面積與獲准變更當期公告土地現值乘積百分之五十為計算基準」，據官員表示，《工輔法》是否採用此一標準仍在研議中。