《工輔法》以2016年5月20日為界，之前既存的低污染工廠採「就地輔導」，既存的高污染工廠則輔導遷廠或轉型。不過，由於納管與輔導期間都不會立刻開罰，《工輔法》上路後，首要執行的就是2016年5月20日後新建的工廠，立即停電、停水、拆除。
過去政府以「臨時工廠登記」納管低污染農地工廠，但十年僅十家工廠轉型合法化。《工輔法》修法後，改以「特定工廠登記」納管。經濟部今年1月先行預告特定工廠登記辦法、檢舉辦法、污染認定基準等四個配套法規。
邁向「特定工廠登記」時代 斷水斷電成利器
「特定工廠登記」如何改善舊制的缺失？經濟部政務次長王美花上週受訪時表示，這次在實施前已經先進行第一輪的工廠盤點，讓地方政府掌握轄區內情況。這次的機制會讓工廠願意接受納管，待實施一段時間後，經濟部也會定期追蹤成果。
特定工廠登記辦法預計以2020年3月20日公告日為起點，工廠須在2年內申請納管、3年內提出工廠改善計畫、10年內完成第一階段的改善、以取得「特定工廠登記」。20年內（2040年3月19日）完成建築、土地的合法化，否則特定工廠登記將會失效。
王美花補充，這次法規都有規範限期改善，如沒達到就斷水斷電，讓廠商無法營運，這會產生很大的影響。
經濟部中部辦公室主任郭坤明表示，工廠改善分為二階段，第一階段是環保、消防、水利及水土保持等，因涉及公安、環境，須在最短時間內做好，才能取得特定工廠登記。第二階段則是建物與土地的合法化，所需時間較長。
由於工廠改善也須配合業者的生產規劃，可能無法一次完成。他建議，施工可以分期程，但規劃上最好一次到位，以減少重複性施工。
低污染工廠可留農地 例外條款：28項地區不得就地合法
特定工廠登記輔導對象，須符合2016年5月19日前既存、低污染、且不在經濟部與地方政府公告的「不宜設立工廠」區等三個條件。
郭坤明解釋，低污染既存工廠採「就地輔導」，有必要在納管前先確定區位合法性。以免政府納管輔導、廠商也花錢改善工廠後，卻發現無法合法化，反而引發糾紛。
轉供水電給非法工廠一併斷水電 中央得代位執行
過去農地工廠管理成效不彰，地方政府不排拆除預算、不執行拆除都是主因。《工輔法》修正後改以斷水斷電為主要手段，舉凡2016年5月20日以後新設違法工廠、不配合輔導的中高污染工廠、不接受納管的低污染工廠，都可能面臨斷水斷電。
考量有些工廠會從隔壁轉接水電、或在取得電力後抽取地下水，不怕斷水斷電，經濟部在2月說明會中提出的「未登記工廠停止供電供水作業程序」（草案）規定，被斷水電後擅自轉接水電並復工者，將一併對轉供者停水停電。
農地工廠有多少？ 初步盤查結果4.5萬家 1萬家不明
過去政府未確實掌握違章工廠狀況，而推估應登記而未登記工廠有3.8萬家，加上7400多家已辦「臨時工廠登記」者，共4.5萬家。
2019年經濟部展開調查，郭坤明解釋，第一輪工廠盤點結果，數量約略維持4.5萬家，但其中有1萬多家尚未確定是否屬2016年5月19日前的既有工廠或其高低污染分類，也有少部分拒絕接受盤查的工廠。
郭坤明說，等展開納管機制後，將有部分工廠會來申請納管、其餘則要靠爭取經費以進一步了解。
[註]「農地工廠」只是概略說法。坐落在農地上的工廠、或私自擴建的工廠，因各種違規事項而無法辦理工廠登記的工廠，法規是以「未登記工廠」稱之。未達一定規模的小工廠並不需辦理登記，也就不在《工廠管理輔導法》的管理範疇內。