3日環署舉行339次環評大會，原預定要繼續舉行觀塘案的內部討論與決議，但在民間學術委員紛紛不出席的狀態下，只有8位環委到場而流會。
雖然環保署長李應元堅持以先舉行「談話會」、「休息一下」拖待出席委員人數湊齊，不過經20分鐘的等待，最後仍宣告流會。
李應元表示，已安排下週一（8日）繼續開會，面對媒體追問下週一再沒有環委願意出席怎麼辦，李應元卻回說「不會這樣。」
政府機關代表5位皆出席，包括科技部次長鄒幼涵、內政部次長林慈玲、農委會副主委李退之、國發會副主委高仙桂、衛福部次長薛瑞元；學術委員僅有李堅明、馬小康2人到場，而環保署的環評大會正副主委，只有李應元現身，副署長詹順貴是選擇「神隱」，雖有一說詹順貴請假由主秘蔡鴻德代為上陣，不過由於委員簽到單遭李應元收走，而無法證實。（截稿後補充：詹順貴回應媒體表示，本次開會已事先請假）
14名學術委員中，吳義林、高志明及徐啟銘3位以曾參與中油委託案而迴避，至於沒有出席者，除了上次集體退席的鄭明修、李克聰、劉希平、王价巨、王文誠等5名，這次還有劉小如、劉益昌、李公哲、李錫堤也缺席。只有李堅明與馬小康2位出席，總出席人數只有8人，不達法定門檻10人。擔任初審小組召集人的李堅明表示，他認為還是要走完程序。
有消息指出，環保署長李應元直到上午都還在打電話請求學術委員出席，看來最終沒有委員讓他說動，但李應元不願正面證實此消息。
面對流會，李應元表示，環保署20年來都「很熱鬧」，環評案的審查其實都相當完備，也就專業來交換意見，環評委員也一向獨立、尊重各方意見，包括觀塘案，甚至深澳案，都是有經過充分審視。
至於環團與環委鄭明修等人一再建議改址台北港為替代方案，李應元表示，這並不在觀塘案的討論範疇內。
環團痛批政治黑手介入 重傷環評制度
「政治黑手介入環評制度，是最大的損傷！」環團地球公民基金會主任蔡中岳痛批。面對已有流會風聲，卻遲遲不見環署死心，環團仍號召民眾前往環署外抗議，不滿環署定位這次延會將不旁聽、不回答意見的作法，因為許多爭議仍未釐清。
「還要學者跟環團說什麼呢？」搶救大潭藻礁行動聯盟召集人潘忠政說，環團已經為搶救藻礁，開了30場記者會，無奈行政院仍充耳不聞，在幾次農委會舉辦的協調會上，包括經濟部政次曾文生等大小官員都相當無奈，此案不是藻礁保育問題、更不是環評專業問題，早已是政治問題了。