2006年12月開始，南美玻利維亞爆發致命的出血熱（hemorrhagic fever），此疫情受到聖嬰現象的影響而持續擴散。聖嬰帶來的嚴重降雨造成玻國主要河川滿漲，有51人死亡，6人失蹤，超過40萬人受到疫情感染。
據衛生部副部長諾葛斯（Juan Alberto Nogales）表示，貝尼省（Beni）瑪木亞縣（Mamuja）因為疫情爆發已實施隔離措施。諾葛斯告訴當地報紙，大約兩週前一位獸醫系學生和其他兩人發現一個鼠窩，並不知為何用刀殺了老鼠。隨後不久，這3人使用同一把刀摘取樹上的檸檬，榨汁飲用，但是事前刀子沒有妥善清潔。副部長表示，其中兩人因為發熱性疾病而死亡，而第三位生還者則說出了整件事。
由馬秋波（Machupo）病毒引起的出血熱是經由齧齒類傳播，尤其是經由鼠尿。玻利維亞出血熱在人體內的潛伏期平均是14天，致死率約為5％到30％。波國其他地區也因聖嬰現象帶來的水患，成為疫情爆發的高危險群。衛生官員除了加強防治出血熱，還有登革熱、黃熱病、瘧疾和漢他病毒。