敦煌由於生態環境惡化、地下水嚴重超采，導致黨河、疏勒河下游斷流，沙漠每年向綠洲逼進3―4米。這一趨勢如果得不到遏制，敦煌有可能成為人類歷史上第二個樓蘭古國，世界文化遺產莫高窟和風景名勝區月牙泉等歷史文化遺跡和自然景觀也將不復存在。
月牙泉在上世紀60年代初期水域面積22畝，最大水深7.5米，而目前水域面積僅存8.5畝，平均水深亦僅1.1米；敦煌生態的惡化，也直接危害莫高窟文物的保護。專家介紹，缺水導致的沙漠化加劇了莫高窟等文物保護的大難題。在莫高窟現存492個洞窟中，已有一半以上的壁畫和彩塑出現了起甲、空鼓、變色、脫落等病害，這都與風沙有一定的關係。