萬里水力發電計畫於2011年7月29日進行第一階段環評時，委員認定對環境衝擊過大，要求台電作第二階段深入評估。當時環評結論的重點調查項目高達七項，包括：
(一)應對基地、聯外道路及毗鄰之受影響地區預測評估邊坡穩定、地基沈陷、地質災變（如地震、崩塌、土石流等）之潛在風險，並提出因應對策。
(二)應分析對河流上、下游可用流量、基流量等變化與所造成之影響。
(三)應補充其他再生能源替代方案。
(四)應評估對保育類野生動物或珍貴稀有植物之影響，並訂定移植復育計畫等相關因應對策。
(五)應加強文化資產調查及景觀評估。
(六)應分析瞬間音爆對生物(尤其是保育類鳥類)之影響。
(七)應評估對當地農業灌溉用水之影響。
然而，2012年7月26日下午，環保署即將召開二階範疇界定會議，由資料中可見，台電預計納入二階環評的評估項目有許多疏漏，台電辯稱這些項目在「環境影響說明書」(第一階段環評之報告書)中已有調查評估，然而，該報告書正是內容不夠深入，因而被環委要求進行第二階環評，台電公司不應以此理由規避重新調查評估，只為了節省該公司的調查成本。反萬里電廠自救會、花蓮環保聯盟等在地團體26日將從花蓮北上，連同荒野保護協會、蠻野心足生態協會、千里步道籌畫中心等聲援團體一起至環保署，發言要求納入評估（見附件：萬里電廠二階環評疏漏之項目表）。
萬里電廠完成後，只能提供花蓮地區約6.7%左右發電量，卻耗資100多億，本基金會強調，台電公司既不應以花蓮「缺電」為由興建該電廠，也不應將萬里電廠的興建當作「發展再生能源」，因為經濟部「再生能源發電設備認定辦法」第三條早已註明，只有「灌溉渠道中的小型川流式發電機」，才是水力發電方式中唯一被認定的再生能源發電設備。因此，呼籲台電公司全面檢討水力發電政策，切莫為了一點點的發電量，繼續毀壞花蓮的天然河川。
參考資料
附件：萬里電廠二階環評疏漏之項目表
物理及化學類(一)
物理及化學類(二)
生態類
景觀及遊憩類
社會經濟類、文化類