口蹄疫為台灣飲用水水源帶來一線「生機」，在口蹄疫撲殺令下達之後，7條主要河川水質大有改善。環保署、農委會及自來水單位正在為水源保護區是否可復養豬隻，展開一場複雜難解的三角爭戰。
在養豬戶壓力下，農委會主張自來水水源水質水量保護區內應該復養。環保署卻不以為然，計劃祭出飲用水管理條例以及水污染防治法相關規定，要求禁養。環保單位甚至決定以達到民國87年放流水標準做為復養條件。環保署署長蔡勳雄認為，這時候在水源保護區內採取禁養措施，政府所要負擔的補償費最少，社會代價與阻力也會最少。自來水單位一方面希望禁養，另一方面卻擔憂要負擔禁養補償費，而陷入左右為難。