花蓮縣溫泉區管理計畫歷經多年調查後，2000年4月獲交通部核定實施。花蓮縣政府觀光旅遊處長陳又珍指出，預估效益包括建置溫泉資料庫，劃定溫泉管理區，擬定溫泉區管理計畫，吸引遊客到南區泡湯，這是打通瑞穗溫泉區「任督二脈」的第一脈。
溫泉區管理計畫是縣政府委託成功大學教授李振誥、東華大學環境政策研究所教授蘇銘千、大漢技術學院教授蔡印來及地質專家張哲銘、夏龍源等人於2006年6月起探勘調查，2010年4月獲交通部核定後實施。
瑞穗鄉長許榮盛指出，任督的第二脈則是花蓮縣政府推動瑞穗溫泉特定區計畫案，希望及早完成全台面積最大的溫泉區，擺脫早期北投、知本等溫泉區未能有效整體開發缺失。