台北車站交九轉運站，當初規劃時，是為了整頓過去台北車站周邊客運停靠下客、交通混亂情形，不過交九轉運站啟用，第一個大考驗中秋假期返鄉車潮，台北市交通局為了避免客運班次太多，交九站內壅塞、動彈不得，在秋節規劃3天時間，讓交九原本站內上下車，改為站外下車，違反了當初交九規劃時、避免影響周邊交通的設計，
市議員批評，交九轉運站當初在招標時，因為兩次流標，市府在2003年7月第三次招標做出重大讓步，不僅決議將該建物容積率由400%放寬至560%，減免土地租金、市府負擔部份匝道興建費用，並協助投資人取得中長期低利融資，就連招標公告也是直接「量身訂做」改依日勝生公司所提的投資計畫書規劃。
而BOT廠商規劃出一棟僅佔總面積9%的轉運站，還把轉運站「藏在商場後側」，讓人搞不清楚，這是以轉運站為主的建築，還是以商場、影城、旅館為主。