八八水災過後一個月，台南縣麻豆鎮總爺藝文中心北側的諸羅樹蛙棲地，遭受大水肆虐，迄今難見蛙蹤，保育人士憂心諸羅樹蛙群已遷徙甚至滅亡。學者也對棲地生態憂心，至於園區內的諸羅樹蛙是否已經全部毀滅，得等明年繁殖期進一步查估才會知道。
專門研究諸羅樹蛙生態的真理大學自然資源應用學系講師莊孟憲說，諸羅樹蛙每年繁殖約4月至8月間，但也會受到當年氣候影響；今年若沒莫拉克颱風帶來驚人雨量，平均雨量仍少於往年，屬於「欠年」，因為目前已經是樹蛙繁殖期末期甚至已過繁殖期，總爺當地諸羅樹蛙是否消失，等明年4月查估較精準。