台灣畫眉在兩年前獲承認為獨立種，不過因早期國人引進大陸畫眉，導致基因受汙染。農委會特生中心與師大生命科學系合作調查發現，受汙染比例已逾兩成，如不及時控制，台灣畫眉恐將滅種。
藍胸、白眉或裸皮眼圈，是大陸畫眉特徵。基因遭汙染的二代台灣畫眉外觀多元且不完整。因雜交畫眉四處流竄，農委會見事態嚴重，於2003年將大陸畫眉亦列為保育，期能夠杜絕民眾豢養。不過此舉反成了繁殖業者的護身符。雜交種無法列入保育，豢養繁殖剛好避過野保法，讓情況更為惡化。
台灣原生野鳥遭外來基因汙染或領域排擠最嚴重者，非八哥莫屬，南洋白尾八哥縱橫全島，台灣原生八哥在混群中剩下不到0.2％。台灣畫眉因具領域性，受汙染族群呈塊狀分布，要控制其繼續擴散，專家認為技術不是問題，但工程浩大複雜。