珊瑚礁總體檢顧名思義就是為珊瑚礁進行健康檢查，調查人員將運用水肺潛水的技術下潛到海裡，除了了解珊瑚狀況，也同時記錄魚類、其它無脊椎動物等週邊海域的生態情形。此項源自於國際知名Reef Check 的珊瑚礁總體檢行動，最特別的在於調查是以在地的潛水業者與潛水員作為主力，而非一般科學研究人員。
Reef Check 開始於珊瑚礁總體檢基金會(Reef Check Fundation)於1997年發起的全球的體檢行動，當時是為了對全球珊瑚礁進行現況調查，提供科學上的數據，證實珊瑚礁已受到過漁、非法漁業和汙染的情形，而調查結果也確實震驚全球。至今已過了十個年頭的珊瑚體檢行動，串起了全球熱愛海洋的潛水客，也靠這些民間潛水志工累積了豐富的海洋珊瑚礁監測資料，這些數據和這樣的行動也讓社會大眾更加認識平常看不見的海底珊瑚世界以及其重要性！
參與珊瑚礁總體檢的一般民眾，除了需自備有水肺潛水的技術，也會先接受科學指導員的行前教學，在下水進行珊瑚礁的健康檢查，而這樣的行動也希望藉由實地操作和體驗，讓潛水業者與潛水員了解並協助紀錄珊瑚礁受到威脅的程度，進而採取保育的行動；平常悠游大海的潛水愛好者，也可以轉化一般的潛水遊憩成為守護海洋的力量；而國際珊瑚礁體檢基金會總部，也鼓勵這些潛水志工在習得體檢方法後，自發性的進行珊瑚體檢，並將資料傳回加州總部為珊瑚在全球平台上做紀錄。
珊瑚礁總體檢的調查方法基本上是以「穿越線」（transect）法為基礎。潛水志工在海底分別沿著3m和10m等深線，以捲尺拉出一條100m長的穿越線。然後再以穿越線為中心、調查紀錄半徑5m 的範圍內的特定魚類及無脊椎動物。這些特定的生物是經過海洋生物學家篩選出來，從牠們的數量可以判斷人類活動對珊瑚礁造成的影響。另外，潛水志工還需沿著穿越線每隔固定間隔便紀錄海底底質，藉由分析底質是死亡珊瑚、活珊瑚、沙質等來算出珊瑚覆蓋率。至於相關海域特殊情形，例如有無炸魚？珊瑚白化？船錨？垃圾？也是潛水志工紀錄的項目。