蘇花高速公路的興建爭議再度端上台面，馬總統的12項愛台建設政見裡，並沒有出現「蘇花高速公路」，而是「東部鐵路雙軌化及電氣化」。對此，交通部鐵工局表示：相關的工程規劃日前已經通過環境影響評估，目前正在辦理細部設計的招標作業，預估第1階段將斥資新台幣150億元，7年內完成「局部雙軌化」及花東線全面電氣化。
鐵工局表示：東部鐵路沿線長達150公里，全線雙軌化所需經費龐大，因此第1階段選定瓶頸路段：光復隧道及自強隧道，改線並新建為「單孔雙軌」隧道，其次，電氣化部分，則是完成從花蓮到台東站之間的電氣化，完工後，現有西部及北迴線上的電化列車，例如太魯閣號，就可以開進台東車站。目前在政策要求下，交通部規劃第一階段在5年內完成。
