中研院調查發現，綠島北部柴口、公館海域超過百分之十的石珊瑚群得了「黑病」死亡，上面被類似海藻的不知名深墨綠色海棉體形同薄膜覆蓋。主持調查的研究員鄭明修說，這是台灣發現珊瑚群莫名死亡的第一例。
鄭明修說，被覆蓋死亡的石珊瑚群，多數分布在排水溝出海口3公尺至7公尺深海域，因兩地在綠島民宿、餐廳、飯店集中區的公館及中寮村附近，研判可能與廢水汙染有關。
去年珊瑚礁學會在綠島做珊瑚總體檢，發現綠島北部柴口、公館海域的石珊瑚得了「黑病」死亡，類似藻化。鄭明修解釋，珊瑚「黑病」與白化不同，白化的珊瑚是附著在珊瑚的單細胞共生藻，因水質惡化等原因離開，珊瑚並未死亡，仍有回復原貌的可能，黑病則是珊瑚已死。目前黑病死亡的石珊瑚面積難以估算，大致每100公尺即有超過10公尺的石珊瑚染病，情況嚴重。
東部海岸國家風景區管理處得曾請專家、學者監測調查，仍無法確定海棉體來源。目前中研院研究員陳昭倫、中山大學海洋所教授宋克義、台大海洋所教授戴昌鳳等專家已展開調查，希望找出原因。