連續豪雨過後天氣放晴，台南運河部分河段河水變成紅褐色，環保人士認為是運河底泥受到翻攪，經太陽照射後衍生藻類產生優養化所致，等藻類曝曬死亡後，河水還會變黑發臭，希望市府加速運河疏濬除汙工作。
台南市社區大學環境學程助理晁瑞光調查指出，連續下了10多天的大雨，才不過放晴2、3天，運河在中華西路以東河段，水面就出現近紅褐色，尤其以民生路至府前路靠近中國城的環河街河段更為明顯，此一河段也正好是市區、商業區和住宅區的集中之地。
市府工務局副局長郭萬隆表示，運河水質優養化與近日下雨後的氣候、溫度和水中含氧量有關，是自然現象，市府在環河街兩側興建汙水截流站後，已有效減少排汙導致優養化情形，每年也編列經費，循序漸進清除運河底泥，持續進行整治。