白海豚生存環境嚴峻，有環保團體指，自港珠澳大橋香港段工程開始後，海豚數量六年間減少4成，而工程未作任何遷就，認為環評制度名存實亡。團體要求政府先確保海豚數量穩定，再推「明日大嶼」填海計劃。
香港海豚保育學會引述漁農自然護理署數字指出，自2012年港珠澳大橋香港段工程開始後，六年間整體海豚數量由80條下跌至47條，跌幅達4成，其中大嶼山北面水域情況嚴重，西北水域白海豚數量更受重創，東北水域3年未有白海豚出沒，過去2年每年初生海豚只有1條。
香港海豚保育學會會長鄭家泰指出，大橋工序去年大致完成，但在大嶼山北部海豚未有恢復出沒，但接下來先有機場第3跑道工程，後有施政報告「明日大嶼」願景，涉及龍鼓灘和小蠔灣的填海工程，預計北大嶼水域只會雪上加霜。他要求政府貫徹「先保育、後發展」方針，叫停海洋工程、先進行保育措施，待海豚數量穩定後再發展。