華農大綠色協會「濕地使者行動」考察隊，在2006年暑期進行的濕地使者行動中調查發現，由於大量使用化肥養魚，比東湖面積稍小的花馬湖水質急劇惡化。調查發現，就在兩年前，花馬湖湖水還算清澈。然而就在2006年，當地漁場被人承包後大量施用化肥養魚，導致湖水污染。
村民說，現在的花馬湖湖水不但不能喝，連小孩都不能在湖裏游泳。經常有小孩子反映在湖裏游泳後渾身發癢。當地90%以上的居民，現在靠打井來獲取飲用水，連在湖裏洗過的衣服，穿過後皮膚也會發癢。考察隊員分析：花馬湖的開發在大方向上沒有把握好，承包商受經濟利益的驅動而採取破壞湖區生態的發展方式，政府機構監管不嚴，從而導致了湖區生態環境的急劇惡化。