為遏阻科學園區開發作業基金負債繼續惡化，行政院要求國科會在財務問題未解決前，全面暫緩開發新科學園區。這項政策宣示是自1980年推動科學園區發展以來，行政院首度宣示全面暫緩開發新科學園區，近2年向國科會爭取爭取開發新科學園區的彰化縣、嘉義縣和花蓮縣等地方首長和立委，全部希望落空。
行政院的要求可能是因科學園區開發作業基金到2005年底負債已超過700億元，預估到2010年將爆增到1000億元，在財務狀況未改善之前，新設科學園區全面凍結。 竹科管理局長李界木則指出，行政院除了顧及南科高雄園區還有大片土地未利用外，主要考量竹科還有新竹生醫園區、宜蘭園區和銅鑼園區，南科也有高雄生醫園區等地尚未開發，希望這些園區在2010年完成開發後，再開發新科學園區。