台灣的海岸線總長約一千五百七十六公里，扣除掉周圍小島，單是台灣本島，海岸線就長達一千一百四十公里，除了西岸屬砂質地形不適合珊瑚蟲著床外，北部、東部及南部沿岸附近，幾乎都有珊瑚的分布，其他離島同樣也有珊瑚環繞的景況，其中墾丁國家公園內是台灣沿海珊瑚生態最豐富的地區。每年初夏的滿月時分，這一代的珊瑚礁群的珊瑚蟲就會集體釋放精、卵於海水中，霎那間，由海底朝月光看去，精卵結合的盛況，就有如滿天星斗一般的耀眼燦爛。 但台灣有關珊瑚礁生態的研究頗為有限，除了在墾丁地區有較完整、廣泛的珊瑚礁研究外，其他地區的珊瑚礁多只有種類分佈等的研究資料，至於珊瑚覆蓋率等的量化研究數據則多半付諸闕如；比較偏遠的地區如蘭嶼，甚至連最基礎的研究數據仍是一片空白。因此，今年夏天，由中華民國珊瑚礁學會調查人員在東北角、花東海岸、蘭嶼、綠島、墾丁、澎湖、小琉球、進行潛水檢驗，結果卻發現台灣地區的珊瑚礁正面臨一場前所未見的浩劫，氣候因素與人為破壞使得珊瑚礁奄奄一息。學者預測，依此速度，台灣珊瑚可能在十年內全數滅絕。
調查點一：東北角
調查點二：東部海岸
調查點五：墾丁
[編按:該調查係於墾丁龍坑油污染發生前進行]
調查點六：小琉球
小琉球近岸破壞嚴重，但無漁港及遊客的地點則狀況較佳。以杉板路為例，15m深處的片狀珊瑚聚落完全無破壞；美人洞外多樣性高的蕈珊瑚更是其他地方所少見。就魚類而言，大型魚均未曾在調查期間見到，是珊瑚礁生態系的危險徵兆。今年9月間大量珊瑚發生白化現象是往年所無的。由於全台灣均有此現象，可能與地方性環境因素無關，而與黑潮帶來異常暖水有直接相關。
調查點七：澎湖