鹽水溪長期受到汙染，生態遭嚴重破壞，甚至引發全台第1個登革熱死亡病例，近幾年來，經居民自發成立河川守護隊，市府也強力整頓，才有好轉。
但學者認為鹽水溪水質仍不合格，並以從加護病房回到普通病房來比喻，要康復還有很長的路要走。
成大名譽教授溫清光指出，水質若以0至100分比擬，20年前的鹽水溪水質從50分掉到16分，這幾年回復到30至35分，仍屬不及格。
自稱「吃濁水溪米長大」的台師大台灣史所長張素玢說，近40多年來，彰雲兩縣投入工業懷抱，長年以農養工、重工輕農，高量毒素滲進農業區，成為土壤重金屬汙染最嚴重的地區，遭環境浩劫的濁水溪是從加護病房進到安寧病房，農民雖不斷抗爭，仍然無解。