國家發展委員會主委管中閔表示，動保界擔心自由示範區特別條例草案排除野生動物保育法第24條第2項部分，會明確限制在觀賞水族類，申請資格會更明確；農業衝擊持續檢討。
台灣動物社會研究會執行長朱增宏質疑，新加坡能在觀光魚國際市場爭得一席之地，是因為把關最為嚴謹；反觀此條例第47條排除野生動物保育法第24條第2項申請資格與利用限制，等於宣告有關野生動物申請輸出入程序，及相關飼養、繁殖、陳列、展示及買賣的管理規定被排除。
管中閔表示，18日下午已與農委會主委陳保基及相關同仁討論後獲致共識，有關野生動物保育法排除方面，會明確限制在「觀賞水族類」，避免被以為是所有野生動物都在排除之內；還有申請資格會更明確界定，以避免引發疑慮。
另關於示範區特別條例草案第42條，涉及尚在管制中的中國大陸農產進口830項來台，將衝擊到相關農產投入加工後的出口產值約1/3，目前總值新台幣724億元，推算會減少216億元。