苗栗大埔被拆遷戶控告內政部違法徵收獲得勝訴，總統府發言人李佳霏1月5日表示，馬英九總統已指示行政院、內政部妥適處理大埔案。副總統吳敦義則表示，內政部是否上訴，要等研究過判決書後兼顧情理法好好處理；政府有不對要改進，若正確就要講道理、和住戶好好溝通；如果覺得虧欠張藥局，有則改之、無則勉之，不要急著上訴。
面對正副總統雙雙發表對大埔案的看法，內政部長李鴻源說：「有不上訴的空間，我們一定會朝那方向來努力，因為我們擔心的不是這個案子，而是引起的骨牌效應。要是不上訴，也要達到一個理由支持你上訴，所以我們會很審慎因應，一定會兼顧情理法。」
李鴻源說，如果政府對某案不上訴的話，就必須提出救濟方式，「這就得跟苗栗縣政府談」；當然，「還地」也是救濟、補償方式之一，但如此一來，就得再變更都市計畫、工程耗大，也得要評估後續是否會產生骨牌效應。
在立委質問下，李鴻源指出，像是機場捷運A7案、彰化高鐵案，也和大埔案類似,都還在法院訴訟中，但不宜拿來做比較，應該要個案處理。