中科園區雲林基地爆發盜挖土方並以廢紙漿汙泥回填弊案，縣內另一件重大工程、斗六市朱丹灣體育園區回填土方，2006年初，部分回填土方發出惡臭，疑使用不良土壤，縣長蘇治芬指示環保局採樣送驗，6處採樣點，有3處鋅、鎳、鉻等重金屬含量超過標準，經查出廠商使用回收再利用的廢泥漿，雖不致汙染環境，但違反土壤汙染防制法，已要求挖除。
縣府為防弊端，主動將全案移送雲林調查站查辦。議員劉建國日前又接獲檢舉，指稱部分回填土方使用海砂，要求縣府處理。土地開發課證實，道路與停車場公共工程回填土方使用海砂，但海砂是工程合約許可材料，海砂價格不輸土方但海砂禁止與混凝土混合使用，避免侵蝕鋼筋。