台大保存的考古文物或先人遺骸，如果原住民想要迎回自己的土地，台大表示，只要能判定是與當地有血緣相關，又有良好的保存機構，台大不排除歸還文物。台大最近一波大規模歸還是2005年，把卑南文化的考古文物移交給台東史前博物館，但當年曾有很大爭議。
台大人類學系系主任陳瑪玲表示，文資法通過後，向地方政府申請的考古挖掘，都必須事先釐清文物歸屬問題，確認日後挖掘的文物到底該由誰保存，因此未來考古挖掘，不會再出現文物由考古單位拿走的狀況。
但目前台大所藏的考古文物，幾乎都是台北帝大時期所採集。陳瑪玲表示，日據時代沒有好的保存環境，學術單位有義務與責任把這些文物妥善保存，才會集中存放在台大人類學博物館。