由於網箱養魚可能帶來庫區嚴重水質污染，重慶市環保局已將萬州區、奉節縣、雲陽縣取締網箱養魚納入黨政環保考核。目前，這三個區縣採取強硬措施，一共拆除了7000多個網箱，總面積276畝。
據調查，庫區的網箱主要集中在萬州、雲陽、奉節三個區縣。奉節規定，市民在去年5月1日之前設置的網箱，並且經過了統計登記的，在規定的時間內自行拆除後，可以獲得一定補償。如果不符合這些條件，就強行拆除，銷毀網箱，將魚兒放歸長江。
據了解，2003年庫區剛蓄水時，針對能否在網箱養魚，重慶市曾開展激烈的爭論。其間，部分區縣的網箱悄悄浮出水面，越來越多。如雲陽澎溪河高陽湖一帶，密布的網箱幾乎覆蓋了整個水面，重重疊疊。專家估計，庫區7000個網箱每年至少會產生63萬噸魚糞。此外，還有將近2萬噸沒吃完的飼料，直接進入江水當中，將導致嚴重的生態災難。其中，魚糞和飼料將大大增加江水的肥力，適宜浮萍、藍藻等有害生物生長。