2006年春雨不足，在北桃大停水風波之後，經濟部水利署2日邀集相關單位開會，決定桃園農田水利會灌區2006年一期稻作休耕，北區水資源局估計，如此一來，石門水庫1天可以減供95萬立方公尺，現有蓄水量可以撐到6月底。
桃園農田水利會會長李總集對於經濟部的決定，既憤怒又感到無奈，因為石門水庫若不是供應新竹縣用水，桃園農田水利會灌區不必休耕，更甚者，石門水庫是灌區內農民集資興建，長期移撥用水竟未有任何補償，並不公平，他要求政府須保障已整田、插秧農民的權益。北區水資源局長賴伯勳說，經濟部2日決定桃園農田水利會灌區一期稻作休耕，雖然公告時間有點延遲，仍讓北區水資源局鬆了一口氣，桃園農田水利會灌區曾有705農田辦理休耕，此時公告休耕的影響應該不大。