二仁溪與鹽水溪日前再度列名全國汙染最嚴重河川，環保單位在台南縣市河川汙染稽查責任也因此是愈來愈重。環保署環境督察總隊南區督察大隊表示，已結合檢警與民間環保團體，鎖定台南縣市7大重點河川研擬稽查機制，嚴查環境汙染公害，包括有急水溪、曾文溪、鹽水溪、二仁溪、七股溪、將軍溪、嘉南大圳。 在全國汙染河川排名中，就以二仁溪最為惡名昭彰。
對此，環保署南區督察大隊表示，大台南地區早期因為二仁溪地下熔煉業違法處理有害廢棄物，以致於造成環境嚴重汙染，所幸在經由環保署大力拆除整頓後，已逐步改善。督察大隊表示，目前防制環境汙染結盟行動已經獲得民眾的普遍回響，因此，希望能夠呼籲民眾一起來守護、巡守河川，如果發現有任何的汙染情事，都可以撥免付費報案電話0800-066666，由專人24小時接聽並鍵入電腦資料專案列管追蹤。