除了農業，另一個因著掌握生物多樣性而獲益的產業，便是醫藥了。人們常用的醫藥品，絕大部分來自生物，比如抗生素來自子囊菌、麻醉劑、止痛藥、人工荷爾蒙、抗癌藥物等，也都來自生物體；不過，即使生物多樣性可以作如此廣泛的應用，但真正已運用到醫藥上的比例，其實只有很微小的一部分。以子囊菌為例，人們已經研究過的子囊菌大約有3萬種，只是全部子囊菌的1/10，但在抗生素的應用上，子囊菌已作出了85%的貢獻。野生生物在醫藥上的潛力，其實遠遠大過目前已知的範圍。
演化與藥用價值
在生命演化的歷程中，幾乎所有的生物體都會演化出所需要的某種特定化學物質，以抗癌、殺死寄生蟲、或擊退天敵等。脆弱的毛毛蟲身上往往帶著毒素和鮮豔的警戒色，一旦羽化成可飛翔的蝴蝶後便不再需要這層化學防護；也比如許多植物的嫩葉中帶著有毒的丹寧而呈現紅色，丹寧會使取食嫩葉的草食動物輕微中毒、之後不再取食它們，等到嫩葉成熟、木質素發育完全、葉質變硬成草食動物眼中不可口的食物後，丹寧便退去，葉子也轉變成綠色。每種生物體內化學物質的演化過程，是一段漫長的嘗試錯誤、突變天擇之路，如今人們可以因著基因工程技術，將這些化學物質取出、應用在人類的實際需要上。
發現藥物之路
因著知道生物多樣性所蘊含的豐富醫藥資源，科學家們也藉著隨機篩選生物組織，來尋找新藥物的線索。比如在找尋抗癌藥物時，可能會隨機應用些生物的組織，看它們是否有抑制或癌細胞的功能，然後再逐步應用到動物的臨床實驗上。如果試驗成功、也順利純化或組合出該抗癌物質，便可以在實驗室中大量複製，由此得到的藥物成分會比直接從生物體中大量萃取便宜得多；且科學家們在研究該化學物質的有機組成時，也能任意加減原子或建裂鍵節，看所衍生出的物質是不是仍保有醫療效果、甚或是顯出更好的療效。
醫藥的商業價值
若計算亞馬遜雨林一帶巫醫所使用的藥用植物，數千種中目前只有一小部分被嚴謹的醫藥科學測試過；即使如此，雖然只是常用的幾種藥用植物，其具備的醫藥商業價值也已相當可觀。Balick與Mendelsohn曾在貝里斯的2處熱帶雨林作過研究，只是單單採收野生藥用植物，每公頃可以淨獲利726與3,327美元；其他研究人員也在瓜地馬拉與巴西的熱帶雨林作過類似的估算，發現每公頃若開發成農地，產值約在228及339美元，但生長於其中的藥用植物熱帶松，一次採收就可以獲利3,184美元；若在產值估算時將碳排放權交易、生態旅遊也算進來，那麼這些可永續產品的產值還將更高。
參考資料
參考文獻
EdwardO.Wilson.2002.TheFutureofLife.Vintage:NewYork.
MichaelJ.BalickandRobertMendelsohn.1992.Assessingtheeconomicvalueoftraditionalmediansfromtropicalrainforest.ConservationBiology6(1):128-130